船島．傳說此地從前是個群鬼聚集的不祥之地。在現代，惡鬼也應該早被驅除，但是卻聽說有人類在這裡遭到怪物的攻擊…。原來這傳言並非空穴來風，良太郎與天津四等人為了擊退這些鬼於是來到了這座船島。這是一場因為大地震的關係，使得過去與現代的時間銜接在一起，而導致群鬼們跑到了現代的事件。也因此，讓時間產生了很大的扭曲。甚至鬼還在找名為“鬼之王牌”的石頭，這是個威力強大到可以毀滅人類，建立鬼族世界的石頭。也聽說王牌就傳承在驅鬼者後裔的村子裡…。但是，為了人類世界，鬼必須如歷史般的被消滅。於是一行人決定…

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假面骑士BLACK南光太郎（倉田てつを 饰）决不允许如此恶行发生，他孤身一人和修卡展开对抗，而进之介则与之展开连番对抗。战斗之中，光太郎的义举和修卡的丑恶行径让进之介的良心大受触动。 　　而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎（及川光博 饰）突然出现，他正是左右着历史进程的关键人物……

　　2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。なんとその正体は、誘拐された電王・良太郎だった。モモタロスや新たに電王となった幸太郎らは、良太郎の言葉を手がかりにデンライナーで300年前へと向かう。新電王・幸太郎を演じるのは「アクエリアンエイジ　劇場版」の桜田通。

　　ある日、デンライナーが操縦不能になったとモモタロスが良太郎（溝口琢矢）に助けを求めてくる。彼らがデンライナーにかかりきりになっている間に、良太郎の姉の愛理（松本若菜）が不幸にも何者かに襲われるというアクシデントが発生する。実は、その事件を裏で操っているのは侑斗（中村優一）だということが発覚するが……。