次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！

　　从幼儿园起，藤田浩之（一条和矢 配音）和神岸明（川澄绫子 配音）就是青梅竹马的好朋友。浩之的性格有些懒散，但在内心里十分的善良；明天真无邪，有着邻家女孩的甜美与可爱，这样的两个人是他人眼中天设地造的一对，他们更是早已结下了永远都要在一起的海誓山盟。作为两人共同的朋友，长冈志保（樋口智惠子 配音）和佐藤雅史（保志总一朗 配音）对这二人之间的感情充满了真诚的祝福。　　崭新的高中生活展现在了四人的眼前，可是，一些小小的阴霾打破了原有的平静生活。志保发现，自己无论如何也移不开投射在浩之身上的目光，志保无可救药的喜欢上了浩之。为了维持难得的友谊，志保决定将心意藏在心底，但随着爱意的不断加深，三人之间的关系第一次被推到了风口浪尖。

　　舞台是东京新宿……　　樱花盛开的季节里，转校来到「真神学园」的迷团重重的男子「绯勇龙麻」。　　就像被引导着一样，结识了剑道部的「蓬莱寺京一」，摔跤部的「醍醐雄矢」，射箭部的「樱井小蒔」，以及学生会会长「美里葵」。　　他们受到突然或心活性化的《龙脉》的影响，《拥有的力量的人》觉醒了。　　与此同时，同样受到龙脉影响的被叫做《鬼》的异形也出现了，并且开始了对东京的袭击。　　并且，存在着使用《外法》操纵这些鬼怪的人。　　为了保护东京的龙麻一行，不久又和要逃离自身的《宿星》相遇了……

　　本以为战斗可以平息下来的真神学园"打鬼部"的成员们,没想到迎接他们的将是更加惨烈的战斗,"九角天童"背后的神秘人物终于在"拳武篇"中现身,这个给予"九角天童"邪恶力量的人究竟是怎样的,还有等待"龙麻、京一"等人的星宿的宿命又是怎样的,种种的谜团都将在"东京魔人学园剑风帖 拳武篇"中得到解答