在一个被称作『逆JAPAN』的空间，每隔44年就会打开一次“妖逆门”释放大量妖怪，一位神秘的少年多闻三志郎将在这里展开异想天开的奇异冒险。

　　妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

　　本作第1话的主要角色是爱佳，故事由她和贵明在图书室整理书库说起。两人为了克服彼此的异性恐惧而互相呼叫对方的名字，而结果是喜忧参半，此时，麻烦男雄二目睹了两人的暧昧行为，由此故事掀起了波澜……

　　第1巻：メイドロボ「イルファ」のロケテストが向坂家で行われることに。 最新カメラを構え、願望叶って臨戦体勢の雄二。 しかし、そこには巨大な“越えられない壁”が…！？　　第2巻：貴明はクラスメートや環、このみたちと、海水浴へ行くことに。愛佳から一緒に行こうと誘われた妹・郁乃は、「姉貴の保護者」を宣言して参加する。愛佳の夏の日の恋とドタバタの行方は？　　第3巻：翌日に控える学園祭、生徒会長ささらの準備のおかげで無事開催されるはずが、前会長まーりゃんの陰謀によってどんどん崩れていく。果たしてまーりゃんの計画とは？　ささらと貴明はそれを喰い止めることができるのか？