在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 　　本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。

　　由于联合军的阴谋，先帝戈萨十五世陛下驾崩，年少继位的阿萨琳十六世在大臣的极力推动下，发动了对联合宇宙军的全面战争。与此同时，联合宇宙军也在全力备战，招募士兵。在诱人的美女征兵广告前，杰斯迪·植木·泰勒动心了，于是他来到征兵处，面对入伍动机询问，他给出了以下经典回答：军队这种地方，吃饭不要钱，制服和生活日常用品全部都……不要钱！又不用担心房租，要取得各种执照也轻易，再加上搭乘宇宙战舰的话，到达敌方以前整天可以在冷气密封仓里睡觉，同时可以坐着做工作，没有比这更轻松的行业啦！不是吗？同时呀阁下！退役后又有退休年金可以过悠闲的生活，这实在令人向往呀！如此回答，基本上没人会让这种人加入军队的，然后，泰勒的演讲开始了！

　　[B]在遙遠的星球上，為了保存一族血脈.凱米亞被選為被送到地球上與地球人交配的聖母。他的哥哥肯雖然深愛著他，卻不得不幫忙完成這計劃…… 凱米亞的身體開始為了受孕而起了種種變化，當他發現是怎麼回事時，他苦苦哀求自己也深愛著的肯把他殺了，因為他不想懷一個陌生人的孩子…… 在最終的變化過程中，凱米亞喪失了所有的記憶，當他在地球上甦醒時，他會把最愛的人（肯）的記憶，轉移到在自己看到的第一個人類身上，並會懷他的孩子……